カノニカルリンクが頻繁に使用されるケースとしては、1つのページに複数のURLバリエーション(例えば、「www」の有無や、異なるプロトコル(HTTP 対 HTTPS)など)がある場合が挙げられます。カノニカルリンクを使用すると、プライマリURLを指定できるため、検索エンジンが複数のバージョンを重複とみなすことを防ぎ、1つのバージョンのみがスキャンされ、検索結果に表示されるようにすることができます。
もう 1 つの使用例は、1 つのページが複数のドメイン名またはサブドメインで利用可能な場合です。この場合、カノニカルリンクを使用して、そのコンテンツの主なソースとなるドメインまたはサブドメインを指定することができます。
カノニカルリンクは、1つのページが複数の国や地域で利用可能で、地域ごとに個別のURLがある場合にも使用できます。この場合、カノニカルリンクを使用して、どの地域が主なターゲット層であるかを指定することができます。